药剂科是集药品采购供应、调剂配发、临床药学服务为一体的业务科室，现设有门诊药房、住院药房、药库及临床药学室四个部门。
门诊药房：负责门诊患者的处方调剂工作，在日常工作中严格执行“四查十对”，保证处方调配无差错事故，保障患者用药安全。
住院药房：负责住院患者用药的医嘱调剂工作；审核部分住院患者用药医嘱；负责药房药品验收、质量监控和养护，定期检查各病区的基数药品和急救车药品的有效期。
临床药学室：武汉大学口腔医院药剂科自2012年起设置临床药师岗位，以服务患者为中心，以促进合理用药为目的，积极开展临床药学工作。光谷院区药剂科与本部采取同质化管理，继续开展药品不良反应监测和上报；门诊处方和住院医嘱的点评及汇总分析；抗菌药物使用情况的上报及点评；面向患者及医务人员提供药物咨询服务，保障患者用药安全。
药库：根据不同药品储存条件及要求分为常温库、阴凉库、麻药库，按照相关要求严格执行药品验收、维护并及时更新药品相关信息。